从电子商务的整个流程所涉及的内容来分析，前面提到的电子商务安全问题主要来自以下几个方面。
1.硬件层面
电子商务的基础前提是网络，而网络的物理支撑是各种硬件设施，这些硬件设施会由于各种原因带来各种安全风险。
导致硬件设施出现问题的原因可能有设备故障，有人为因素，也有自然灾害。硬件安全问题虽然发生的概率不大，但是一旦发生，其影响巨大。例如，2006年12月26日，我国台湾附近海域发生强烈地震，造成中美海缆等6条国际海底通信光缆发生中断，附近国家和地区的国际和地区性通信受到严重影响。中国大陆至台湾地区、美国、欧洲等方向的通信线路受此影响大量中断，互联网访问质量受到严重影响。许多跨国经营的企业总部、分公司之间的网络联系中断，使生产和经营受到严重影响。这次事故给有关企业和个人造成巨大影响和严重经济损失。
2.软件层面
网络不仅需要硬件，更需要软件，各种系统软件、应用软件是网络运行所必需的。对于电子商务来讲仅仅只有良好的硬件支持是远远不够的，软件的正常运转也是它的一个重要的支撑点。由于技术和人为的原因，各种软件不可避免地存在各种设计上的缺陷和漏洞，而且由于软件的多样性和复杂性，在配备、使用中也会有各种问题出现，这就导致电子商务系统中存在技术误差和安全漏洞。比如，由于可能存在安全漏洞，在重要信息资料保管和安全支付方面，人们仍然担心资料丢失和账户被盗等。又比如，个别软件由于自身的缺陷，在特殊的情况下，可能造成系统运行故障甚至瘫痪。
